ご質問「アイリッシュ・フルートのC#の音程が低い」

C#が低いのはこのタイプのフルートでは正常のことなのです。

平均律で音程を取るモダン・フルートに対して、アイリッシュ・フルートはDの純正律で音程を取ります。よってF#も少し低いはずです。

もちろん、これはD調の音階のときに機能する音程であり、それが異なる調の音階であれば音高を修正しなくてはいけません。

F#とC#を上げるには、ひとつはアンブシュアで上げるのですが、キーがあればF#にはFキーを、C#にはCキーを押すことで音程が若干上がり、平均律のジャストの音程となります。

以上、ご参考になさってください。